Từ năm học 1993-1994, Trường THCS Phan Chu Trinh được chuyển về địa chỉ 24 Nguyễn Công Hoan, thuộc phường Ngọc Khánh, quận Ba Đình với diện tích rộng gần 10.000m2.

Từ năm học 2017-2018, Trường THCS Phan Chu Trinh được xây dựng mới có cấu trúc hiện đại với 2 dãy phòng học 4-5 tầng, 1 dãy nhà hiệu bộ, 1 sân lớn, 2 sân nhỏ, gồm  40 phòng học, 14 phòng chức năng, 8 phòng làm việc cho giáo viên và nhân viên, khu thư viện, khu bếp, nhà ăn cho học sinh bán trú, nhà thể chất, cầu thang rộng đẹp, khu vệ sinh hiện đại riêng từng tầng……