Trường Phan Chu Trinh được thành lập năm 1946 tại địa chỉ số 40-42 Phố Phan Chu Trinh (nay là phố Nguyễn Thái Học,  Quận Ba Đình, TP Hà Nội). Khi thành lập Trường Phan Chu Trinh có bậc tiểu học và bậc trung học. Giám đốc (hiệu trưởng) là nhà Văn hóa Giáo dục nổi tiếng: Giáo sư Đặng Thai Mai. Tổng thư ký là ông Nguyễn Huân, các giáo viên chính của trường lúc đó: Bà Nguyễn Khoa Diệu Hồng, ông Lê Viết Khoa, Nhạc sĩ Lưu Hữu Phước, Họa sĩ Nguyễn Đỗ Cung, Phan Kế Anh, Nhà văn Nguyễn Đình Thi, Thi sĩ Nguyễn Xuân Sanh…

Ngôi trường những ngày đầu mới thành lập

Ngay từ những ngày đầu năm học 1946 trường Phan Chu Trinh đã có vinh dự đặc biệt: được đón Bác Hồ đến thăm trường. Lời dặn dò của Bác “Đoàn kết thi đua, dạy tốt, học tốt” đã là động lực giúp nhà trường vượt qua mọi gian khó để phát triển, vươn lên không ngừng trong suốt những năm qua.

Chỉ sau ngày khai giảng 16/9/1946, chưa đầy 3 tháng, trường Phan Chu Trinh  phải tạm đóng cửa để thày, trò tham gia cuộc kháng chiến toàn quốc chống thực dân Pháp xâm lược. Khi ấy, nhiều học sinh của trường đã tham gia phong trào “Cảm tử quân” với khẩu hiệu “Quyết tử cho Tổ quốc quyết sinh”.

Qua 30 năm, cùng với cả dân tộc Việt  Nam thực hiện thắng lợi 2 cuộc kháng chiến chống thực dân Pháp và quân xâm lược Mỹ, nhiều thế hệ thày trò đã cống hiến xứng đáng và trưởng thành xuất sắc.

Trong 30 năm tiếp theo, kể từ 1975, khi miền Nam nước ta được hoàn toàn giải phóng, đất nước thống nhất, trường Phan Chu Trinh bước vào giai đoạn phát triển mới. Năm học 1993-1994, thực hiện chủ trương của Bộ Giáo dục & Đào tạo, Trường PTCS Phan Chu Trinh tách thành 2 trường THCS Phan Chu Trinh và Tiểu học Phan Chu Trinh. Trường THCS Phan Chu Trinh được chuyển về địa chỉ 24 Nguyễn Công Hoan thuộc phường Ngọc Khánh, quận Ba Đình cho đến nay.

Kế thừa truyền thống của các thế hệ đi trước, thầy trò trường Phan Chu Trinh ngày nay luôn nêu cao tinh thần đoàn kết phấn đấu xây dựng nhà trường phát triển ngày càng vững mạnh theo phương châm giáo dục toàn diện. Mỗi năm học sau lại đạt được nhiều thành tích hơn năm học trước. Trường liên tục đạt danh hiệu “Trường tiên tiến xuất sắc”. Năm 2002, Bộ GD&ĐT và UBND Thành phố Hà Nội ra quyết định công nhận là trường “CHUẨN QUỐC GIA” đầu tiên của khối THCS của Thủ đô Hà Nội. Năm học 2002-2003, trường được Chủ tịch nước tặng Huân chương lao động hạng Ba, năm học 2008-2009: Huân chương Lao động hạng Nhì và năm học 2016 – 2017: Huân chương Lao động hạng Nhất.

Bài hát của Trường THCS Phan Chu Trinh 
do nhạc sĩ Duy Quang viết tặng